En tant que chercheur « senior » au centre de recherche Bordeaux Population Health (Inserm/Univ Bordeaux/IRD), équipe Santé mondiale dans les pays du Sud (GHiGS), Antoine Jaquet co-dirige le programme de développement « VBHI – Global Vascular Brain Health Coalition ».
Initialement centrées sur la prévention des maladies infectieuses, ses recherches portent actuellement sur les pathologies non transmissibles dans les pays du Sud, notamment en Afrique subsaharienne.
Il agit actuellement en tant que directeur de programme/investigateur principal du consortium « International epidemiology Database to Evaluate AIDS (IeDEA) » en Afrique de l’Ouest, créé en 2006 par le NIH (U01). Dans le cadre de cette initiative, il supervise plusieurs projets sur les maladies non transmissibles incluant les troubles neurocognitifs, en Afrique de l’Ouest, à travers une cohorte prospective au Sénégal et au Nigéria abordant les déterminants du vieillissement cérébral et de la démence au sein d’une large cohorte de personnes vieillissant avec le VIH.
Il est membre du Comité de Direction de l’institut VBHI.
